En igenvuxen gammal prästgård, skimrande tjocka flugor, ett pussel som nästan pusslar sig självt. Vad är det som har vaknat och inte lämnar vännerna ifred? Flugpojken bjuder på en kuslig spökhistoria, men gestaltar även oron över att växa upp och ger en tragisk historia om ett missförstått barn.